Tento typ rostlin patří k největším konkurentům vláknitých řas. Podhladinové rostliny odebírají při svém růstu velké množství živin přímo z vody a tím zamezují rozšiřování řas. Svým růstem z hloubky (od -60cm až -2m) až po hladinu jezírka odebírají řasám i světlo a teplo. Většina podhladinových rostlin roste pouze pod vodní hladinou (vodomor kanadský), případně nad hladinu se dostávají jejich květy (crassula recurva). Tyto rostliny mají také velkou okysličovací funkci, jelikož svými listy spotřebovávají také fosfát a produkují velké množství kyslíku. Tím výrazně upravují celkovou kvalitu vody. Podhladinové rostliny by neměly chybět v žádném BIObazénu.  V jezírkách a biobazénech se využívá více než 20 druhů těchto rostlin.

Hlavní funkce podhladinových rostlin:

- Odběr živin vláknitým řasám

- Produkce kyslíku

- Využívání fosfátu ke svému růstu

- Podílejí se na tvorbě Biofilmu

Každá podhladinová rostlina splňuje jinou funkci, je proto třeba je vhodně zkombinovat. Pro správně fungující BIObazén je tato skupina rostlin nejdůležitější. BIObazén musí obsahovat 5-8 různých druhů podhladinových filtračních rostlin.